两栖与爬行动物数据库：AmphibiaWeb 与 The Reptile Database
AmphibiaWeb收录超8700种两栖动物，采用社区驱动+公民科学模式；The Reptile Database收录约12300种爬行动物，以专家主导+完整同物异名追踪著称。两者是全球两爬保护研究的数据底座。
两栖与爬行动物数据库：AmphibiaWeb 与 The Reptile Database
一、AmphibiaWeb：两栖动物的数字方舟
1.1 诞生背景与使命
由加州大学伯克利分校的 David Wake 实验室发起。初衷是应对两栖动物全球衰退危机——自 1980 年代以来，壶菌病（chytridiomycosis）和栖息地丧失导致大量两栖物种急剧减少，超过 100 种可能已经灭绝。Wake 和 Vredenburg (2008) 在 PNAS 中称之为"第六次大灭绝的先锋类群"。
IUCN 与 AmphibiaWeb 合作完成全球首次两栖动物全面评估，Stuart et al. (2004) 在 Science 发表《Status and Trends of Amphibian Declines and Extinctions Worldwide》。结论惊人：1,856 种（32.5%）受威胁，至少 9 种已灭绝，113 种"可能灭绝"。
DNA 条形码和系统基因组学发现了大量隐存种（cryptic species），两栖动物已知物种数从 ~5,000 跃升至 ~8,000+。AmphibiaWeb 每年新增约 150–200 种。
AmphibiaWeb 现收录超过 8,700 种两栖动物，其中约 41% 被 IUCN 列为受威胁（VU/EN/CR），是脊椎动物中受威胁比例最高的类群。数据库包含 40,000+ 张照片、数千条鸣声录音、以及越来越丰富的基因组链接。
1.2 公民科学模式
AmphibiaWeb 的独特之处在于其混合编辑模型：
- 专家委员会：负责分类学决策和物种审核
- 公民科学家：贡献照片、鸣声录音、分布记录
- 自动数据聚合：从 GenBank、IUCN、GBIF 等拉取关联数据
- 开放 API：允许研究者通过程序化接口批量获取数据
🔍 实际用例：Scheele et al. (2019). Science, 363(6434): 1459–1463. 利用 AmphibiaWeb 和 IUCN 数据，对全球两栖动物壶菌病的影响进行了迄今最大规模的元分析，发现壶菌病已导致至少 501 个物种的种群下降，其中 90 种已灭绝或野外灭绝。这篇 Science 论文依赖的物种分类框架即来自 AmphibiaWeb。
二、The Reptile Database：爬行动物分类的"金标准"
2.1 从 EMBL 到独立数据库
The Reptile Database 最初是欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一个内部项目，由 Peter Uetz 于 1996 年创建。Uetz 本人既是分子生物学家（曾参与蛋白质相互作用数据库的构建），又是爬行动物分类学家。这种跨学科背景使得 The Reptile Database 从诞生之初就具有"数据工程"的基因。
2005 年后，该数据库独立运营，由 Uetz 和 Jiri Hosek 共同维护。与其他分类学数据库不同，它是一个单人主导+合作者网络的模式——这在数据库领域极其罕见但运作良好。
2.2 核心数据特征
| 特征 | 详情 |
|---|---|
| 物种总数 | 约 12,300（2024年），每年新增 ~200 种 |
| 类群覆盖 | 蛇（~4,100）、蜥蜴（~7,200）、龟鳖（~360）、鳄鱼（27）、喙头蜥（1） |
| 分类深度 | 域→界→门→纲→目→亚目→科→亚科→属→种→亚种 |
| 同物异名 | 完整记录了历史命名变更，包括无效名（junior synonyms） |
| 文献溯源 | 每条记录链回原始描述文献，部分提供 PDF 链接 |
| 交叉引用 | 与 IUCN、GBIF、NCBI Taxonomy、Wikispecies 双向链接 |
| 更新频率 | 季度更新，新物种描述通常在数周内收录 |
三、两个数据库的实际使用
3.1 查询示例
# AmphibiaWeb — R 语言查询
library(rvest)
library(xml2)
# 查询某个物种的详细信息
url <- "https://amphibiaweb.org/cgi/amphib_query?rel-common_name=like&where-scientific_name=Dendrobates+tinctorius"
# 返回：分类、保护状态、分布、参考文献、照片
# The Reptile Database — Python 查询
import requests
from bs4 import BeautifulSoup
# 按学名搜索
url = "https://reptile-database.reptarium.cz/species"
params = {"genus": "Python", "species": "reticulatus"}
r = requests.get(url, params=params)
# 批量下载最新名录
# https://reptile-database.reptarium.cz/dumps/
# 提供 CSV 格式的完整分类数据集
# 使用 rphylopic 包在 R 中获取物种剪影
library(rphylopic)
# 基于 The Reptile Database 的分类 ID3.2 在生态学研究中的应用
📊 典型工作流：
1. 从 AmphibiaWeb / Reptile Database 获取目标区域的物种名录
2. 从 IUCN Red List API 获取各物种的保护状态
3. 从 GBIF 获取分布数据点（occurrence records）
4. 用物种分布模型（SDM/MaxEnt）预测气候变化下的分布变化
5. 用系统发育树（如 VertLife project）做系统发育多样性分析
四、经典论文与资源
五、总结
AmphibiaWeb 和 The Reptile Database 分别代表两种数据库模式：前者是"社区驱动+公民科学"，后者是"专家主导+数据工程"。两者都证明了分类学数据库不只是一个"物种名单"——它们是全球保护行动的决策依据，是生态学研究的起点，也是回答"地球上到底有多少种生物"这个古老问题的最新尝试。
📌 一句话记住：AmphibiaWeb 关注"保护"（两栖动物危机最严重），The Reptile Database 关注"精确"（同物异名追踪最完整）。两者是两爬研究的"第一站"。
—— 系列第 4 篇完。下一篇：鸟类与鱼类数据库（Avibase + FishBase + Catalog of Fishes）
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