比对在问什么问题

本节你将能

区分全局/局部比对场景，并解释替代矩阵的作用。

直觉模型

比对是「找最合理的字母对齐方式」；打分矩阵告诉你换氨基酸的代价。

核心要点

• 全局：端到端对齐（NW）
• 局部：找高分片段（SW）
• PAM/BLOSUM：蛋白质替代代价

常见误区

相似度高不等于同源——需结合 E-value 与生物学证据。

动手

列举一个该用全局、一个该用局部的例子。

互动

测验：整条 CDS 对齐更偏哪种。

本节小结

下一节拆开 Needleman-Wunsch。