Python 实现迷你比对器

本节你将能

写出 NW 的 Python 伪代码/精简实现骨架，并跑通短序列。

直觉模型

两层循环填表 + 第三阶段回溯；复杂度 O(nm)。

核心要点

• 用二维数组存分数与方向
• 先正确再优化（affine gap、带状）
• 生产环境更多用 BLAST/minimap2，但算法直觉必须有

# 伪码：score[i][j] = max(
#   score[i-1][j-1] + s(a,b),
#   score[i-1][j] + gap,
#   score[i][j-1] + gap)

常见误区

在基因组尺度硬跑纯 Python DP——会太慢。

动手

实现 10bp 级 NW 并打印比对。

互动

完成测验；第四章进入 NGS。

本节小结

算法底座打好后，进入真实测序数据流。