Python 粘合 NGS 小工具

本节你将能

用 Python 调用外部命令并记录日志，组织迷你管线。

直觉模型

生物信息学「胶水」：每个步骤是工具，Python 负责传文件与检查退出码。

核心要点

• subprocess.run(..., check=True)
• 用 pathlib 管理输入输出
• 失败早停；保留命令行日志

import subprocess
subprocess.run(["echo", "qc done"], check=True)

常见误区

忽略返回码导致静默失败。

动手

写一个包装函数：运行命令并写 log。

互动

完成测验；第五章进入结构预测。

本节小结

NGS 流有了骨架，下一章看蛋白质三维结构。