用 Python 读结构坐标

本节你将能

用 Biopython PDB 模块读取原子坐标并计算两点距离。

直觉模型

结构文件是「原子通讯录」：链、残基、原子、x/y/z。

核心要点

• from Bio.PDB import PDBParser
• 层级：Structure → Model → Chain → Residue → Atom
• 距离与接触用于简单分析

from Bio.PDB import PDBParser
p = PDBParser(QUIET=True)
s = p.get_structure("m", "model.pdb")

常见误区

忽略多 model/多链导致取错原子。

动手

打印第一条链的残基数。

互动

完成测验；第六章做综合实战。

本节小结

结构可读后，用项目把序列到注释串起来。