生命科学

Biopython：生物信息学的Python全能工具库

Biopython是专为计算分子生物学设计的Python开源工具库，整合序列处理、文件解析、序列比对、在线数据库检索、进化分析、蛋白结构解析等全套功能，是科研人员与生信从业者入门进阶的核心工具。

给未来生物学研究者的路线图

Cas12a2：选择性清除病变细胞的新武器

AI 设计最小 CRISPR 核酸酶 SynTnpBs：突破自然进化限制

RNA-seq 分析：一次实验读完整本转录组

从 2539 篇预印本看，RNA-seq 是出现频率最高的方法（194 篇）。本文讲透它的原理、流程、与其它六种方法的协同与常见坑。

质谱：从转录组走到蛋白质组的成分分析师

质谱以“质谱仪/液质联用”等形态被 43 篇以上论文使用，是蛋白层最无偏的发现技术。本文讲清 LC-MS/MS 与七件套的咬合关系。

CRISPR/Cas9：七件套里唯一的“干预扳机”

CRISPR/Cas9 被 61 篇论文使用，是唯一能改写基因组的技术。本文讲清编辑原理，及它如何作为上游扰动配合五种观测手段读出结果。

Southern blot：基因组整合的“法医”确证

Southern blot 被 85 篇论文使用，在确认基因整合与拷贝数上仍无可替代。本文讲清原理、流程，及与 CRISPR/qPCR 的铁三角验证。

荧光显微镜：生物学研究的成像之眼

荧光显微镜是免疫荧光、活细胞成像、CRISPR 报告基因的“眼睛”。本文讲清激发/发射原理、共聚焦与超分辨，及与其它方法的协同。

免疫荧光：把目标蛋白在细胞里点亮

免疫荧光被 107 篇论文使用，是湿实验里最高频的技术。它用抗体+荧光给蛋白做空间定位，是连接分子发现与细胞现实的桥。

活体生物分子变“量子传感器”：线虫里的量子相干

斯坦福团队在活体转基因线虫中，利用红色荧光蛋白作为量子传感器，首次实现在活体内调控并读取自旋相关自由基对的量子动力学，为量子生物学提供关键证据。

DNA“暗区”挖出 1700+ 微蛋白，或成抗癌新靶点

国际团队在曾被视作“废料”的 DNA 区域发现 1700 多种全新微蛋白，其中 6 种关键肽被关闭后高达 85% 癌细胞丧失存活能力，提示全新抗癌靶点。

首个体内 CRISPR 疗法三期成功，剑指 FDA 批准

Intellia 的体内 CRISPR 疗法 lonvo-z 在三期临床试验中将遗传性血管性水肿发作降低 87%，已启动向 FDA 的滚动申报，有望成为首个体内 CRISPR 获批药物。

AI 设计的“分子剪刀”：自然界没有的 CRISPR 酶问世

Nature 报道研究者用 AI 设计出功能性的 CRISPR 酶，这些酶在自然界中不存在，却能在实验中执行基因编辑，为更小、更易递送的编辑工具开辟道路。

能“粉碎 DNA”的 CRISPR 酶，专杀癌变细胞

Nature 两项研究展示 Cas12a2 可被编程识别病变相关 RNA，进而破坏仅在该类细胞中表达的 DNA，选择性清除癌细胞等病变细胞，为“不可成药”突变提供新疗法。

珊瑚共生的溶酶体密码：Cell 揭示光共生进化

加州大学 Phillip Cleves 团队在 Cell 发表研究，揭示珊瑚和海葵通过共选择溶酶体蛋白来支持光共生。SLC26A11 转运体是光共生进化的关键，这一发现为干预珊瑚白化提供了分子靶点。

沉寂 60 年后重见天日：西非珊瑚礁重生

贝宁科学家在西非海岸重新发现了一个沉寂 60 年的珊瑚礁，至少 8 种珊瑚和 8 种鱼类形成了繁茂生态系统。这一发现为珊瑚礁保护带来了新的希望。

AlphaGenome：一个模型预测百万碱基对 DNA 的功能与变异影响

DeepMind 的 AlphaGenome 在《自然》发布，可预测长达百万碱基对的 DNA 序列功能，并估算变异如何影响多种生物过程，尤其擅长非编码区。

HERRO：深度学习把纳米孔测序错误率压低一百倍

A*STAR 主导的国际团队发布 HERRO，用深度学习校正纳米孔长读长测序错误，准确性最高提升约 100 倍，使单平台即可完成高质量基因组组装。

群体遗传学遇上语言模型：GPT-2 架构几分钟追溯基因共同祖先

俄勒冈大学团队用改进版 GPT-2 架构训练「遗传语言」模型，学习 DNA 中的突变规律，几分钟即可追溯基因对共同祖先，速度较传统方法提升数十倍。